2016-2017 Ziraat Türkiye Kupası 3. Tur Kura Çekimi, TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda gerçekleştirildi. Kura çekim töreninde TFF 1. Başkanvekili Servet Yardımcı, TFF Yönetim ve İcra Kurulu Üyesi Ali Düşmez, TFT Genel Sekreteri Kadir Kardaş, TFF Maç Planlama Müdürü Besim Yalçın ile kura çekimine katılan kulüplerin temsilcileri yer aldı.

2. Turda Manisa B.Belediyespor'u 4-2'lik sonuçla eleyen Çaykur Rizespor kupanın 3. turunda Çaykur Didi Stadyumunda 2. turda Kırıkhanspor'u penaltılarla eleyen Fethiyespor'la karşılaşacak. 

Ziraat Türkiye Kupası 3. tur kura çekiminde, geçen sezon Spor Toto Süper Lig'i 6 ila 10. sıra arasında bitiren Galatasaray, Kasımpaşa, Akhisar Belediyespor, Antalyaspor ve Gençlerbirliği takımları da yer aldı. Türkiye Kupası'nda 3. turda Spor Toto Süper Lig'den 10, TFF 1. Lig'den 12, Spor Toto 2. Lig'den 21, Spor Toto 3. Lig'den 10 ve Bölgesel Amatör Lig'den 1 takım gruplara kalmak için sahaya çıkacak.

Tek maç eleme usulüne göre 25, 26 ve 27 Ekim'de yapılacak 3. tur maçları sonucunda 27 takım grup aşamasına kalacak. Geçen sezon Süper Lig'i ilk 5'te tamamlayan Beşiktaş, Fenerbahçe, Atiker Konyaspor, Medipol Başakşehir ve Osmanlıspor'un da doğrudan katılımıyla 32 ekip, grup aşamasında mücadele edecek.